2003年(平成15年)7月には、新たな経営制度の導入のねらいである「フラット化」「役割の明確化」「スピード化」「グローバル化」を具現化し、グローバルトヨタにおける本部統括機能としての位置づけをより明確にすべく、部門制から本部制に移行した。
また、取締役数のスリム化として、専務以上を取締役としてスリム化する一方、各部門別のオペレーションを担当する「常務役員」を新たに設定した。
意思決定階層は、部門別オペレーションを専務以下で完結し、専務は部門別業務の最高責任者として全社経営に参画しながら現場に根ざしたオペレーションに関する意思決定を担当。意思決定のスピードアップを図った。
改正後の組織数は212部となり改正前の209部から3部増加した。