1999年8月に発売した新型車「ファンカーゴ」は、「ヴィッツ」から派生した2列シートのミニバンタイプ多目的乗用車。フロントまわりは「ヴィッツ」のイメージを持つデザインとし、ルーフラインは前席頭上からわずかにキックアップしている。全高は「ヴィッツ」より180mm高く（FFモデル）、ホイールベースと全長はそれぞれ「ヴィッツ」より130mm、250mm伸ばして室内容積を大幅に増やした。低く平らなフロアと、フロントシートの床下に収納できるリヤシートによって可能となった広い荷室には、一般的な自転車だけでなく大型のクロスバイクなどのスポーツ系自転車などもそのまま楽に収容できた。また3分割されたリヤシートの中央部分を取り外して、フロントシートから荷室までのウォークスルーを可能にしている。

駆動方式はFF、またはそれをベースとするフルタイム4WD。エンジンは「ヴィッツ」と共用の直列4気筒DOHC16バルブで、FFモデルには1300cc・88PSと1500cc・110PSの2種、4WDモデルには1500cc・105PSを搭載。トランスミッションは4速ATのみだが、最上級モデルのGには、ステアリング上のスイッチでマニュアル変速が可能な“ステアマチック”を備えた。2002年8月にマイナーチェンジし、フロントグリルを中心としたデザインの小変更や、6：4分割リヤシート（床下格納機能なし）の追加などを行った。

「ファンカーゴ」は、「ヴィッツ」「プラッツ」とともに、「1999～2000年　日本カー　オブ　ザ　イヤー」を受賞した。