初代が大きな成功を収めた「ist」は、2007年7月にフルモデルチェンジして2代目に進化した。ベースは2代目「ヴィッツ」だが、“HEAVY BEAUTY”とのキャッチコピーを掲げ、全長4M未満のまま、全幅は1725mmと広くなり、さらにホイールが15インチから16インチにサイズアップされて独特のプロポーションを持つクロスオーバースタイルとなった。

エンジンは新しい1.8リッター132PS（2ZR-FE）と、1.5リッター109PS（1NZ-FE）の2種。トランスミッションは前者がSuperECT、後者がSuperCVT-i、4WD車はアクティブトルクコントロールを採用した。安全性も向上し、全車に6エアバッグを標準装備する。

北米では「サイオンxD」、欧州では「アーバンクルーザー」の名で販売した。2009年10月には1.5リッターの2WDの燃費を向上して「環境対応車普及促進税制」に適合。2010年8月に1.8リッターを廃止した。