「クラウン」のステーションワゴンはセダンとともに1991年のモデルチェンジをスキップし、1999年12月、約12年ぶりに生まれ変わり、これを機にモデル名も「クラウン　エステート」に変更した。ベースとしたのは同年9月に発売した11代目「クラウン」。先代まであった格納式サードシートは用意せず、5名乗りとした。バリエーションは標準的な“ロイヤル　シリーズ”と、スポーティな“アスリート　シリーズ”の2系列を用意。

エンジンはすべて6気筒DOHCで、3リッターD-4の220PSを筆頭に、2.5リッター200PS、2.5リッターターボ280PSの3種。トランスミッションは4/5段ATだが、一部上級車種にはステアリング上のスイッチでマニュアルシフトを可能にしたステアシフトマチックを採用。駆動方式はFRが基本だが、フルタイム4WDを「アスリートFour」の名で設定。サスペンションは前後ともダブルウィッシュボーン／コイルの独立であり、“アスリート　シリーズ”にはスポーツサスペンションを備えた。

ステーションワゴンの需要減少により2007年6月をもって生産を終了した。