こうして新規会社が相次いで設立されたものの、当初計画から外れ黒字転換のめどが立たない会社が散見されるようになった。そのため、2002（平成14）年から事業開発部では「マネジメント改革」を方針に掲げ、その一環として、経営課題の見える化と抜本的な経営改革を進めた。

このなかで、起業家制度によって設立した6社のうち、4社については採算性のめどが立たないため、やむなく清算および他社統合を図ることとした。また消費者向けビジネスから事業者向けビジネスへ事業構造の転換を図るなど、さまざまな経営改革を実施した結果、2002年3月期に10社あった事業開発部主管の赤字会社は、2007年3月期には1社のみとなった。